8.1. Mikado package¶
8.1.1. Subpackages¶
- 8.1.1.1. Mikado.configuration package
- 8.1.1.2. Mikado.daijin package
- 8.1.1.3. Mikado.loci package
- 8.1.1.3.1. Submodules
- 8.1.1.3.2. Mikado.loci.abstractlocus module
- 8.1.1.3.3. Mikado.loci.excluded module
- 8.1.1.3.4. Mikado.loci.locus module
- 8.1.1.3.5. Mikado.loci.monosublocus module
- 8.1.1.3.6. Mikado.loci.monosublocusholder module
- 8.1.1.3.7. Mikado.loci.reference_gene module
- 8.1.1.3.8. Mikado.loci.sublocus module
- 8.1.1.3.9. Mikado.loci.superlocus module
- 8.1.1.3.10. Module contents
- 8.1.1.4. Mikado.parsers package
- 8.1.1.5. Mikado.picking package
- 8.1.1.6. Mikado.preparation package
- 8.1.1.7. Mikado.scales package
- 8.1.1.7.1. Submodules
- 8.1.1.7.2. Mikado.scales.accountant module
- 8.1.1.7.3. Mikado.scales.assigner module
- 8.1.1.7.4. Mikado.scales.class_codes module
- 8.1.1.7.5. Mikado.scales.compare module
- 8.1.1.7.6. Mikado.scales.contrast module
- 8.1.1.7.7. Mikado.scales.f1 module
- 8.1.1.7.8. Mikado.scales.resultstorer module
- 8.1.1.7.9. Module contents
- 8.1.1.8. Mikado.serializers package
- 8.1.1.8.1. Subpackages
- 8.1.1.8.1.1. Mikado.serializers.blast_serializer package
- 8.1.1.8.1.1.1. Submodules
- 8.1.1.8.1.1.2. Mikado.serializers.blast_serializer.hit module
- 8.1.1.8.1.1.3. Mikado.serializers.blast_serializer.hsp module
- 8.1.1.8.1.1.4. Mikado.serializers.blast_serializer.query module
- 8.1.1.8.1.1.5. Mikado.serializers.blast_serializer.target module
- 8.1.1.8.1.1.6. Mikado.serializers.blast_serializer.utils module
- 8.1.1.8.1.1.7. Mikado.serializers.blast_serializer.xml_serialiser module
- 8.1.1.8.1.1.8. Module contents
- 8.1.1.8.1.1. Mikado.serializers.blast_serializer package
- 8.1.1.8.2. Submodules
- 8.1.1.8.3. Mikado.serializers.external module
- 8.1.1.8.4. Mikado.serializers.junction module
- 8.1.1.8.5. Mikado.serializers.orf module
- 8.1.1.8.6. Module contents
- 8.1.1.8.1. Subpackages
- 8.1.1.9. Mikado.subprograms package
- 8.1.1.9.1. Subpackages
- 8.1.1.9.1.1. Mikado.subprograms.util package
- 8.1.1.9.1.1.1. Submodules
- 8.1.1.9.1.1.2. Mikado.subprograms.util.awk_gtf module
- 8.1.1.9.1.1.3. Mikado.subprograms.util.class_codes module
- 8.1.1.9.1.1.4. Mikado.subprograms.util.convert module
- 8.1.1.9.1.1.5. Mikado.subprograms.util.grep module
- 8.1.1.9.1.1.6. Mikado.subprograms.util.merge_blast module
- 8.1.1.9.1.1.7. Mikado.subprograms.util.metrics module
- 8.1.1.9.1.1.8. Mikado.subprograms.util.stats module
- 8.1.1.9.1.1.9. Mikado.subprograms.util.trim module
- 8.1.1.9.1.1.10. Module contents
- 8.1.1.9.1.1. Mikado.subprograms.util package
- 8.1.1.9.2. Submodules
- 8.1.1.9.3. Mikado.subprograms.compare module
- 8.1.1.9.4. Mikado.subprograms.configure module
- 8.1.1.9.5. Mikado.subprograms.pick module
- 8.1.1.9.6. Mikado.subprograms.prepare module
- 8.1.1.9.7. Mikado.subprograms.serialise module
- 8.1.1.9.8. Module contents
- 8.1.1.9.1. Subpackages
- 8.1.1.10. Mikado.transcripts package
- 8.1.1.10.1. Subpackages
- 8.1.1.10.1.1. Mikado.transcripts.transcript_methods package
- 8.1.1.10.1.1.1. Submodules
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- 8.1.1.10.1.1.3. Mikado.transcripts.transcript_methods.printing module
- 8.1.1.10.1.1.4. Mikado.transcripts.transcript_methods.retrieval module
- 8.1.1.10.1.1.5. Mikado.transcripts.transcript_methods.splitting module
- 8.1.1.10.1.1.6. Module contents
- 8.1.1.10.1.1. Mikado.transcripts.transcript_methods package
- 8.1.1.10.2. Submodules
- 8.1.1.10.3. Mikado.transcripts.clique_methods module
- 8.1.1.10.4. Mikado.transcripts.transcript module
- 8.1.1.10.5. Mikado.transcripts.transcriptchecker module
- 8.1.1.10.6. Module contents
- 8.1.1.10.1. Subpackages
- 8.1.1.11. Mikado.utilities package
